Идея создания первого в стране морского заповедника принадлежала директору Института биологии моря академику Алексею Викторовичу Жирмунскому.
«Наконец стало известно, что вопрос о создании Дальневосточного морского заповедника рассматривали в главном штабе ВМФ СССР и решили его положительно. Было сказано, что Морской заповедник в заливе Петра Великого будет создан в знак признания больших заслуг академика Анатолия Петровича Александрова перед ВМФ СССР. В это же время А.П. Александров был назначен Президентом АН СССР. 31 декабря 1976 было принято совместное решение Военно-морского Флота СССР и Академии наук СССР об образовании Морского заповедника. Только этот беспрецедентный документ позволил пройти через все бюрократические рогатки и юридически оформить создание Дальневосточного морского заповедника» (из книги кандидата биологических наук, бывшего директора ДВГМЗ Андрея Малютина. Заповедное море. Владивосток 2008).
Первым директором и организатором заповедника был Юрий Дмитриевич Чугунов, кандидат биологических наук.
Востоке, и в частности идею создания морского заповедника» (Жирмунский, 1981 г.).
В 1974 г. директор Института биологии моря чл.-корр. Алексей Викторович Жирмунский выступил с инициативой придания части акватории и островов залива Петра Великого статуса морского заповедника – с режимом особой охраны, навечно изымающим данную территорию и акваторию из хозяйственного использования. Вопрос о морском заповеднике из идеи стал воплощаться в программу конкретных мероприятий, были разработаны основные принципы его организации и задачи научной деятельности.
2 января 1975 г. в Институте биологии моря была создана новая структура – Морской заповедник, на должность заведующего которого был избран по конкурсу к.б.н. Ю.Д. Чугунов. С этого момента начался долгий и тернистый путь организации первого в стране морского заповедника.
В основу создания проекта морского заповедника легли многолетние исследования акватории и островов залива Петра Великого ученых дальневосточников: ботаников — д.б.н. Г.Э. Куренцовой, д.б.н. П.Г. Горового; орнитологов к.б.н. Ю.Н. Назарова, к.б.н. В.П.Шибаева, к.б.н. Н.М. Литвиненко; рекомендации гидробиологов д.б.н. О.Г. Кусакина, д.б.н. О.Г. Скарлато, д.б.н. А.Н. Голикова, к.б.н. Л.В. Микулич, контр-адмирала, флагманского штурмана ТОФ Э.С.Бородина. В поддержку создания морского заповедника выступили ученые Тихоокеанского института рыбного хозяйства и океанографии (ТИНРО) к.б.н. Иванкова З.Г., к.б.н. В.Е. Родин, к.б.н. М.В. Суховеева, к.б.н. А.И.Чигиринский, которые оценили этот район как важный питомник для размножения многих промысловых видов рыб и беспозвоночных животных.
На процедуру предварительного согласования проекта ушло более трех лет. За это время Ю.Д. Чугунов 7 раз был командирован в Москву для решения вопросов по организации Морского заповедника. В Москве согласование было проведено с 14 министерствами и ведомствами, в Приморском крае с 21 организацией. По вопросу создания Морского заповедника было принято три решения Приморского крайисполкома, два решения Владивостокского горисполкома и два решения Президиума АН СССР.
В процессе согласования проекта заповедника возникли серьезные трудности со Штабом Тихоокеанского флота ВМФ Минобороны СССР, с Приморрыбпромом объединения Дальрыба Минрыбхоза СССР и с Главным управлением охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР.
Против создания Дальневосточного государственного морского заповедника (ДВГМЗ) выступил командующий Тихоокеанского флота, который заявил, что отвод акватории залива Петра Великого для заповедника нарушает систему обороны этого морского района (эспланаду) и снижает боевую подготовку ТОФ. По существующему тогда законодательству Военно-морской флот СССР был «первичным пользователем» всех морских акваторий СССР и без его согласия отвод акватории для заповедника был невозможен. Вопрос мог решить только Главком ВМФ СССР. К решению этого вопроса в Москве был подключен академик А.П. Александров, в то время директор Института атомной энергетики им. И.В. Курчатова и заместитель министерства среднего машиностроения. По личной просьбе Ю.Д. Чугунова он познакомился с проектом морского заповедника и отметил, что дело это нужное, государственное и обещал провести переговоры с Главкомом ВМФ СССР. Через некоторое время вопрос о заповеднике был рассмотрен Главным штабом ВМФ СССР и решен положительно. Первый заместитель и начальник Главного штаба ВМФ СССР прокомментировал принятое решения как признание больших заслуг академика А.П. Александрова перед Военно-Морским Флотом СССР (А.П. Александров был уважаем на флоте как создатель противоминной защиты кораблей). Вскоре А.П. Александров был избран Президентом АН СССР.
31 декабря 1976 г. было принято совместное решение ВМФ СССР и Академии наук СССР об образовании Морского заповедника. Только этот беспрецедентный документ позволил пройти через все бюрократические рогатки и юридически оформить создание ДВГМЗ.