— изучение природной среды заповедника, его фауны и флоры, отдельных видов и сообществ растений и животных, в том числе: изучение и картирование донных и наземных сообществ; инвентаризация видового и ландшафтного разнообразия, мониторинг и оценка воздействия природных и антропогенных факторов на биоту; изучение биологии редких и исчезающих видов;

— разработка и внедрение научных методов сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии природных комплексов и объектов;

— выполнение экспертных заключений по искам о возмещении вреда, причиненного окружающей среде и ее компонентам вследствие нарушения требований законодательства РФ об особо охраняемых природных территориях.

— проведена инвентаризация основных групп животных и растений заповедника, выявлено 5 640 видов организмов, относящихся к 38 типам из 6 царств;

— изучено распределение эпифауны сублиторали заповедника с использованием телеуправляемого подводного аппарата, проведено картографирование распределения массовых видов гидробионтов с применением ГИС-технологий;

— изучены биологические особенности и современное состояние популяции тюленя ларги в заливе Петра Великого, установлено, что ларга размножается и выкармливает свое потомство исключительно на островах заповедника — открыта уникальная для вида береговая форма;

— изучены состав и распределение сообществ макробентоса литорали и их сезонная динамика

— изучены состав и распределение сообществ макробентоса сублиторали

— получены данные о проникновении в воды заповедника чужеродных видов гидробионтов;

— определены типы стратегий, ценотическая активность заносных видов растений и уровень адвентизации флоры островов заповедника;

— изучены динамика численности и состояние популяций видов, внесенных в Красные книги Приморского края и Российской Федерации;

— изучены особенности биологии, онтогенеза и морфогенеза редких видов растений островов заповедника.

Дальневосточный морской заповедник и президиум ДВО РАН являются учредителями журнала «Биота и среда заповедных территорий»

Это один из немногих международных научных журналов, где могут опубликовать свои работы научные сотрудники особо охраняемых природных территорий.